Протягом тисячі років Закарпатська область служить своєрідним транзитним коридором, який зв’язує Європу і Азію. Після розпаду Радянського Союзу соціальна система в новій незалежній Україні була вкрай розбита. Найбільш помітно це відобразилося на секторі охорони здоров’я, оскільки багаточисельні лікарні та клініки перестали нормально функціонувати. Разом зі своїми західними партнерами NEEKA намагалася скоротити цей розрив, так як було очевидно, що життя тисячі людей, що відносяться до вразливих груп, у цьому регіоні протікала в жахливих умовах.

В 1994 році студенти, викладачі та медпрацівники УжДУ за пропозицією професора Фабрі Золтана заснували громадську організацію, з метою сприяння, розвитку, пропаганди і втілення передових ефективних методів досягнення медицини, охорони здоров’я та навколишнього середовища, для надання допомоги малозабезпеченим верствам населення, сиротам, престарілим, самотнім, біженцям та потерпілим внаслідок стихійних лих.

Невдовзі членами Фонду стали представники інших закладів, як в регіоні, так і за його межами в других країнах, завдяки особистим контактам активістів.

В травні 1998 році рішенням уряду Фонд був перереєстрований в Міністерстві юстиції, і отримав статус міжнародного благодійного фонду.

В цей же час спостерігалася тенденція до збільшення шукачів притулку і біженців, яких було затримано на кордоні через спроби нелегально потрапити в Європу, і в той же час не могли повернутися в рідну країну через загрозу життю, правам та свободам. З кожним роком збільшувалось число затриманих при спробі незаконно перетнути кордон з однією із 4 сусідніх держав ЄС, і 45% серед цієї категорії складали жінки і діти (найбільше вразлива група).

В 2000 році NEEKA стає виконавчим партнером Агенства ООН у справах біженців (УВКБ ООН) в Закарпатській області і з цих пір, допомога яка надається Фондом стає більш кваліфікована і спеціалізована, з цього систематично надавались юридичні консультації, зокрема юристами волонтерами.

В 2001 році УВКБ ООН привернуло увагу міжнародних організацій на проблеми біженців в Закарпатті. З цією метою були запрошені: представники різних посольств (Швеція, Голландія, Норвегія, Угорщина, Словенія) а також різних структур ООН. В жовтні 2001 року в місті Ужгород відбулася міжнародна конференція, котра увійшла в історію як «ужгородський процес», зустріч була організована в рамках Сюдерчопінського процесу.

З цього моменту проблема біженців в Закарпатській області набула розголосу і почала цікавити журналістів та інші урядові та неурядові організації.

В 2001 році міністерством внутрішніх справ Австрії була надана гуманітарна допомога для біженців та місцевого населення.

В 2001 році був створений пункт тимчасового утримання іноземців і осіб без громадянства. Мігранти і біженці (чоловіки) з території прикордонного загону  були переміщені в цей пункт, де регулярно знаходились близько 400 людей. Строки перебування затриманих в цьому пункті становили до 12 місяців іноді і більше (з причини відсутності бажання співпраці з посольствами і консульствами виникали труднощі з ідентифікацією особистості затриманих). В 2008 році цей пункт було закрито.

З цього часу постійно функціонує юридичний відділ, проводились семінари для прикордонників, представників міграційної служби. Була сформована студентська група майбутніх юристів які ознайомлювались з українською і міжнародною практикою захисту прав біженців.

Крім того, в рамках своєї статутної діяльності Фонд продовжував активно надавати допомогу соціально незахищеним верствам населення, впроваджував різного роду молодіжні та оздоровчі програми шляхом проведення літніх таборів. 

Водночас, в рамках надання допомоги затриманим мігрантам в 2006 р. Фонд стає виконавчим партнером МОМ - Міжнародної організації міграції у Закарпатській області, співпраця з якою тривала до 2011 р., в 2009-2011 рр. – в рамках прикордонного співробітництва та моніторингу кордонів Фонд активно співпрацював з ECRE – Європейською Радою з питань вигнанців, та DRC – Данською радою з питань біженців, у співпраці з якою Фонд надавав соціальну та психологічну допомогу дітям біженцям у Пункті тимчасового розміщення біженців у Закарпатській області, та додатково юридичну допомогу неповнолітнім без супроводу дорослих. Пункт був створений та почав функціонувати наприкінці 2007 р., здатний розмістити до 120 осіб (70 в м. Мукачево та 50 в м. Перечин), що перебувають в процедурі надання статусу біженця протягом періоду розгляду їх заяв на захист. 

З моменту відкриття Пункту, в рамках проекту УВКБ ООН «Захист біженців та шукачів притулку у Закарпатській області», персонал NEEKA активно надавав безкоштовну правову допомогу, соціальний супровід, психологічні консультації для біженців та шукачів притулку в Мукачеві та Перечині, а також в приватному секторі м. Ужгород. Крім того, завдяки серії міні грантів, за підтримки УВКБ ООН, десяток біженців та шукачів притулку мали змогу розпочати власний бізнес на шляху до інтеграції та підтримувати інших членів своєї громади.   

З червня 2017 року Фонд починає пілотний проєкт УВКБ ООН «Надання захисту особам без громадянства та особам під ризиком безгромадянства у Закарпатській області», в рамках якого надавалась юридична підтримка та супровід недокументованим особам. Для Закарпатської області характерна така специфіка, що найбільшу к-сть недокументованих осіб є представники ромської національної меншини, що з тих чи інших причин взагалі не мають жодних документів та не мають можливості їх отримати. Юристи та адвокати задіяні в проєкті надали допомогу понад 200 особам в отриманні паспортів та понад 300 в отриманні свідоцтв про народження. З жовтня 2022 року, діяльність в рамках проєкту розпочато у Львівській, Івано-Франківській та Чернівецькій областях.

Після початку широкомасштабного вторгнення рф Фонд негайно зреагував на потреби тих,  хто тікаючи від війни покидав нашу країну шукаючи притулку в країнах ЄС. Персонал NEEKA на пунктах пропуску та залізничних вокзалах надавав консультації щодо правил перетину кордону та законодавства країн ЄС, забезпечував потребуючих продуктовим пакетом та водою. З березня 2022 року, на пунктах пропуску з країнами ЄС встановлено інформаційні стенди, а монітори NEEKA, що регулярно присутні на кордонах стежать за ситуацією та консультують ВПО на пунктах пропуску, заліничному вокзалі м. Чоп. Переселенці що були розміщені в імпровізованих місцях компактного проживання (школах, дитсадках мали змогу отримати продукти харчування, засоби гігієни та іншу гуманітарну допомогу, що негайно почала надходити від партнерів з Угорщини, Чехії, Словаччини, Германії, Нідерландів. В рамках проєкту УВКБ ООН щодо надання захисту внутрішньо переміщеним особам, в 2022 році Фонд розгорнув свою діяльність у Львівській, Івано-Франківській та Чернівецькій областях. Крім надання юридичних консультацій та супроводу щодо різного роду правових питань та виникнувших колізій, команди психологів Фонду надавали психологічну підтримку населенню, що виїхало з зони бойових дій, були змушені назавжди покинути домівки, дорослим та дітям, що отримали різного роду травми та стрес внаслідок сумних подій.  

Гуманітарний відділ Фонду, реагуючи на запити від територіальних громад області та у відповідності до потреб, виявлених моніторами NEEKA, регулярно проводив видачу продуктових пакетів, засобів гігієни та стандартних/нестандартних предметів побуту – ліжка, матраци, ковдри, рушники, кухонні набори/посуд, одяг/взуття, тощо. Зокрема було сформовано відділ СССМ, основною функцією якого є супровід функціонування місць компактного проживання ВПО.

Крім того, Фонд активно діє з ініціативними групами та громадами переселенців з метою підтримання їхніх проектів, надає допомогу в проходженні курсів перекваліфікації та надає всебічну підтримку щодо їх інтеграції та адаптації.